Es ist anzunehmen, dass die Gemeinde Ebenhausen im 8. oder 9. Jahrhundert entstanden ist, da der frühere Namen Ebenhausen von dem Begriff „Häuser in der Ebene" bzw. von „zu den Häusern des Ebo oder Eberhardt", der als Grundherr und vermutlich als Vorfahr der Ritter von Ebenhusen Hörige und Halbfreie hier ansiedelte.
Ein altes Geschlecht waren die Ritter von Ebenhusen, die bei den Fürsten des Landes in hohen Ehren standen. Unter der Äbtissin Gebirga von Geisenfeld, welche von 1037 - 1061 dort wirkte, kommt in einer Urkunde als Zeuge „Chuono von Ebenhusen" vor.
1163 erscheint im Schenkungskodex des Klosters Undersdorf als Zeuge der Ritter „Dilcherius von Ebenhusen".
Im Jahre 1509 starb das Mannestum der Ritter von Ebenhusen aus und von da an ist von ihnen in den Urkunden nichts mehr zu finden.
Im Jahre 1310 ist Ebenhausen als Markt aufgeführt und gehörte zum Amt Vohburg. Im Jahre 1505, als der Ort zum Herzogtum Pfalz-Neuburg kam, ging das eigentliche Marktrecht verloren.
Am 01.01.1880 wurde der Ort Ebenhausen dem Bezirksamt Ingolstadt zugeteilt, dem es bis 1972 angehörte.
Im Jahre 1972 wurde Ebenhausen dann dem Landkreis Pfaffenhofen angegliedert.
Ein besonderes Wahrzeichen des Ortes Ebenhausen ist der in Barock gehaltene Zwiebelturm der St.-Martins-Kirche. Ein Bild wahrer Naturschönheit bildet die vor gut 100 Jahren gepflanzte und unter Naturschutz stehende Eiche in der Mitte der Ortschaft.
Auch dieser Ort wuchs im Laufe der Jahrzehnte durch seine Weiterentwicklung zu einer stattlichen Gemeinde heran.
